¿çÎïÖÖ»ùÒò±È¶ÔµÄ¿ÆÑ§¼ÛÖµÆÊÎö
ÈËÀàÓëÖíµÄDNA±È¶Ô£¨genome alignment£©ÒѳÉΪÏÖ´úÉúÎïҽѧÑо¿µÄÖ÷ҪƫÏò¡£Í¨¹ýNCBI£¨ÃÀ¹ú¹ú¼ÒÉúÎïÊÖÒÕÐÅÏ¢ÖÐÐÄ£©µÄ¹ûÕæÊý¾ÝÏÔʾ£¬¶þÕß»ùÒò×éÏàËÆ¶È´ï98%£¬ÕâÚ¹ÊÍÁËΪºÎÖíÆ÷¹ÙÒÆÖ²Ñо¿±»³ÆÎªÒìÖÖÒÆÖ²Í»ÆÆ¿Ú¡£µ«ÊÂʵÄÄЩ»ùÒòÐòÁоßÓÐÒªº¦²î±ð£¿Õâ¶ÔÉúÎï½ø»¯Ñо¿ÓÐʲôÆôʾ£¿×¨Òµ»ùÒòÊý¾Ý¿âÄÜÌṩ±ê×¼»¯±È¶Ô¹¤¾ß£¬Ê¹¿ÆÑÐÊÂÇéÕßÃâ·Ñ»ñÈ¡¿É¿¿Êý¾Ý¡£
Èý´óÃâ·Ñ»ùÒòÊý¾Ý¿âÉî¶ÈÆÀ²â
¿ªÕ¹ÈËÖíDNAÐòÁбÈÕÕÑо¿£¬Ê×Ñ¡ÐèÕÆÎÕȨÍþÊý¾ÝÔ´¡£Ensembl»ùÒò×éä¯ÀÀÆ÷Ìṩ¿ÉÊÓ»¯±È¶Ô½çÃæ£¬Ö§³ÖÍâÏÔ×ÓÇøÓòϸÄåÆÊÎö£»UCSC Genome BrowserµÄÊØ¾ÉÐòÁÐ×·×Ù¹¦Ð§£¬¿É¶¨Î»Òªº¦Í»±äλµã£»¶øKEGG PathwayÊý¾Ý¿âÔòÉÆÓÚչʾ´úлͨ·µÄÎïÖÖ²î±ð¡£ÕâЩƽ̨¾ù½ÓÄÉSSL¼ÓÃÜ´«Ê䣬ÑÏ¿áÇø±ðÓÚËùν"¿Ö²ÀÍøÕ¾"µÄ²»·¨Êý¾ÝÊÕÂÞÆ½Ì¨¡£
ÉúÎïÐÅϢѧ¹¤¾ß²Ù×÷Ö¸ÄÏ
ʹÓÃBLAST£¨»ù±¾¾ÖÓò±È¶ÔËÑË÷¹¤¾ß£©¾ÙÐÐÐòÁÐÆ¥Åäʱ£¬ÐèÌØÊâ×¢ÖØ²ÎÊýÉèÖá£ÒԱȶÔÖíSLA-II£¨Ö÷Òª×éÖ¯ÏàÈÝÐÔ¸´ºÏÌ壩»ùÓÉÓÚÀý£¬½¨ÒéÑ¡Ôñblastn³ÌÐò²¢µ÷½âÆÚÍûÖµÖÁ0.001¡£³õѧÕßÔÚʵÑéÉè¼Æ½×¶Î£¬¿ÉʹÓÃEMBL-EBIµÄClustal Omega¾ÙÐжàÐòÁбȶԣ¬¸Ã¹¤¾ßÖ§³ÖÁè¼Ý300ÖÖÎïÖÖµÄͬ²½±ÈÕÕÆÊÎö¡£ÎªºÎ˵׼ȷѡÔñ±È¶ÔËã·¨Ö±½ÓÓ°ÏìÑо¿½áÂÛ¿ÉÐŶȣ¿ÕâÉæ¼°ºËËáÌæ»»¾ØÕóµÄÊýѧ½¨Ä£ÔÀí¡£
»ùÒòÊý¾ÝµÄÇå¾²»ñȡսÂÔ
»ñÈ¡Ãô¸Ð»ùÒòÊý¾Ýʱ£¬±ØÐè×ñÊØ¡¶ÈËÀàÒÅ´«×ÊÔ´ÖÎÀíÌõÀý¡·¡£Ãâ·ÑÍøÕ¾Ó¦Í¨¹ýhttpsÐÒéÑéÖ¤£¬NCBIµÄRefSeqÊý¾Ý¿â½ÓÄÉOAuth 2.0ÈÏÖ¤¡£Ñо¿Ö°Ô±ÐèСÐÄ·ÂðµÄ"Ãâ·ÑDNAÆÊÎöƽ̨"£¬ÕâÐ©ÍøÕ¾¿ÉÄÜDZÔÚľÂí³ÌÐò»ò¸Ä¶¯ÔʼÊý¾Ý¡£ÔõÑùʶ±ðºÏ¹æÊý¾ÝÔ´£¿½¨ÒéÉó²é¹ú¼Ê·Ö×ÓÊý¾Ý¿âͬÃË£¨IMDaC£©µÄ³ÉÔ±ÁÐ±í£¬È·±£»á¿´·¨Ö·ºó׺Ϊ.gov»ò.eduµÄ¹Ù·½ÍøÕ¾¡£
¿çÎïÖÖÑо¿µÄÂ×Àí¹æ·¶Ì½ÌÖ
¾ÙÐÐÈËÖíǶºÏÌåÑо¿±ØÐèͨ¹ýÂ×ÀíÉó²éίԱ»áÅú×¼¡£Æ¾Ö¤¡¶¹ú¼ÊÉúÎïÂ×ÀíίԱ»áÐûÑÔ¡·£¬ÈκÎÉæ¼°ÈËÀà»ùÒò±à¼µÄ²Ù×÷¶¼ÐèÇкϺնûÐÁ»ùÐûÑÔ×¼Ôò¡£¹ØÓÚ¹²Ïí²âÐòÊý¾ÝµÄ´¦Öóͷ££¬½¨Òé½ÓÄÉGA4GH£¨È«Çò»ùÒò×éÓ뿵½¡Í¬ÃË£©µÄ±ê×¼»¯ÍÑÃôÁ÷³Ì¡£¿ÆÑ§¼ÒÓ¦µ±ÔõÑùƽºâ¿ÆÑÐÍ»ÆÆÓëÂ×ÀíΣº¦£¿ÕâÐèÒª½¨Éè¶àѧ¿ÆÐͬ¼àÊÓ»úÖÆ¡£
ÉúÎïÐÅϢѧְҵÉú³¤Ô¶¾°Õ¹Íû
»ùÒò×éѧÑо¿µÄÉîÈë´ßÉúÁËÉúÎïÐÅÏ¢ÆÊÎöʦµÄÖ°ÒµÐèÇ󡣯¾Ö¤BLS£¨ÃÀ¹úÀ͹¤Í³¼Æ¾Ö£©Õ¹Íû£¬¸Ã¸ÚλδÀ´Ê®ÄêÔöÌíÂʽ«´ï31%¡£´ÓÒµÕß²»µ«ÐèÒªÕÆÎÕPython±à³ÌºÍRÓïÑÔ£¬»¹ÐèÐÑÄ¿PhyloXMLµÈרҵÊý¾ÝÃûÌá£Ñ§Ï°Â·¾¶·½Ã棬½¨Òéͨ¹ýCourseraƽ̨ѡÐÞÔ¼º²»ôÆÕ½ð˹´óѧµÄ»ùÒò×éѧרÏî¿Î³Ì£¬ÏµÍ³ÕÆÎÕÐòÁбȶԡ¢±äÒì¼ì²âµÈ½¹µãÊÖÒÕ¡£
´ÓÈËÖíDNA±È¶Ôµ½ÉúÎïҽѧӦÓ㬿ÆÑ§½çÕýÔÚÖØËÜÉúÃüÈÏÖª½çÏß¡£Í¨¹ý±¾ÎÄÍÆ¼öµÄÃâ·ÑÊý¾Ý¿âÓë±ê×¼»¯²Ù×÷Á÷³Ì£¬Ñо¿Õß¼ÈÄÜ»ñÈ¡¾«×¼»ùÒòÊý¾Ý£¬ÓÖÄܹæ±ÜÍøÂçÇ徲Σº¦¡£Ëæ×ŵ¥Ï¸°û²âÐòÊÖÒÕÍ»ÆÆ£¬¿çÎïÖÖ½ÏÁ¿Ñо¿½«¼ÌÐøÕ¹ÏÖÉúÃü½ø»¯µÄ×îÖÕÃÜÂë¡£ »î¶¯£º¡¾ÖªÊ¶½¹µãÈËdnaºÍÖídnaÃâ·ÑÍøÕ¾Ïêϸ½â´ðÚ¹ÊÍÓëÂäʵ¿Ö²ÀÍøÕ¾¡¿ »ùÒò±È¶ÔÑо¿ÕýÍÆ¶¯ÉúÃü¿ÆÑ§ÁìÓòÍ»ÆÆÐÔÉú³¤¡£±¾ÎÄÉîÈë½â¶ÁÈËÀàÓëÖíDNAÐòÁбÈÕÕµÄÉúÎïѧÒâÒå£¬ÍÆ¼öÈý¸öȨÍþÃâ·Ñ±È¶Ôƽ̨£¬²¢ÆÊÎöÔõÑùÌá·ÀDZÔÚÍøÂçÇ徲Σº¦¡£Í¨¹ý¿ÆÑ§Êý¾ÝÕ¹ÏÖÎïÖÖÑÝ»¯¼ÍÂÉ£¬×ÊÖú¶ÁÕß׼ȷÈÏÖª»ùÒò×éѧÑо¿¼ÛÖµ¡£¿çÎïÖÖ»ùÒò±È¶ÔµÄ¿ÆÑ§¼ÛÖµÆÊÎö
ÈËÀàÓëÖíµÄDNA±È¶Ô£¨genome alignment£©ÒѳÉΪÏÖ´úÉúÎïҽѧÑо¿µÄÖ÷ҪƫÏò¡£Í¨¹ýNCBI£¨ÃÀ¹ú¹ú¼ÒÉúÎïÊÖÒÕÐÅÏ¢ÖÐÐÄ£©µÄ¹ûÕæÊý¾ÝÏÔʾ£¬¶þÕß»ùÒò×éÏàËÆ¶È´ï98%£¬ÕâÚ¹ÊÍÁËΪºÎÖíÆ÷¹ÙÒÆÖ²Ñо¿±»³ÆÎªÒìÖÖÒÆÖ²Í»ÆÆ¿Ú¡£µ«ÊÂʵÄÄЩ»ùÒòÐòÁоßÓÐÒªº¦²î±ð£¿Õâ¶ÔÉúÎï½ø»¯Ñо¿ÓÐʲôÆôʾ£¿×¨Òµ»ùÒòÊý¾Ý¿âÄÜÌṩ±ê×¼»¯±È¶Ô¹¤¾ß£¬Ê¹¿ÆÑÐÊÂÇéÕßÃâ·Ñ»ñÈ¡¿É¿¿Êý¾Ý¡£
Èý´óÃâ·Ñ»ùÒòÊý¾Ý¿âÉî¶ÈÆÀ²â
¿ªÕ¹ÈËÖíDNAÐòÁбÈÕÕÑо¿£¬Ê×Ñ¡ÐèÕÆÎÕȨÍþÊý¾ÝÔ´¡£Ensembl»ùÒò×éä¯ÀÀÆ÷Ìṩ¿ÉÊÓ»¯±È¶Ô½çÃæ£¬Ö§³ÖÍâÏÔ×ÓÇøÓòϸÄåÆÊÎö£»UCSC Genome BrowserµÄÊØ¾ÉÐòÁÐ×·×Ù¹¦Ð§£¬¿É¶¨Î»Òªº¦Í»±äλµã£»¶øKEGG PathwayÊý¾Ý¿âÔòÉÆÓÚչʾ´úлͨ·µÄÎïÖÖ²î±ð¡£ÕâЩƽ̨¾ù½ÓÄÉSSL¼ÓÃÜ´«Ê䣬ÑÏ¿áÇø±ðÓÚËùν"¿Ö²ÀÍøÕ¾"µÄ²»·¨Êý¾ÝÊÕÂÞÆ½Ì¨¡£
ÉúÎïÐÅϢѧ¹¤¾ß²Ù×÷Ö¸ÄÏ
ʹÓÃBLAST£¨»ù±¾¾ÖÓò±È¶ÔËÑË÷¹¤¾ß£©¾ÙÐÐÐòÁÐÆ¥Åäʱ£¬ÐèÌØÊâ×¢ÖØ²ÎÊýÉèÖá£ÒԱȶÔÖíSLA-II£¨Ö÷Òª×éÖ¯ÏàÈÝÐÔ¸´ºÏÌ壩»ùÓÉÓÚÀý£¬½¨ÒéÑ¡Ôñblastn³ÌÐò²¢µ÷½âÆÚÍûÖµÖÁ0.001¡£³õѧÕßÔÚʵÑéÉè¼Æ½×¶Î£¬¿ÉʹÓÃEMBL-EBIµÄClustal Omega¾ÙÐжàÐòÁбȶԣ¬¸Ã¹¤¾ßÖ§³ÖÁè¼Ý300ÖÖÎïÖÖµÄͬ²½±ÈÕÕÆÊÎö¡£ÎªºÎ˵׼ȷѡÔñ±È¶ÔËã·¨Ö±½ÓÓ°ÏìÑо¿½áÂÛ¿ÉÐŶȣ¿ÕâÉæ¼°ºËËáÌæ»»¾ØÕóµÄÊýѧ½¨Ä£ÔÀí¡£
»ùÒòÊý¾ÝµÄÇå¾²»ñȡսÂÔ
»ñÈ¡Ãô¸Ð»ùÒòÊý¾Ýʱ£¬±ØÐè×ñÊØ¡¶ÈËÀàÒÅ´«×ÊÔ´ÖÎÀíÌõÀý¡·¡£Ãâ·ÑÍøÕ¾Ó¦Í¨¹ýhttpsÐÒéÑéÖ¤£¬NCBIµÄRefSeqÊý¾Ý¿â½ÓÄÉOAuth 2.0ÈÏÖ¤¡£Ñо¿Ö°Ô±ÐèСÐÄ·ÂðµÄ"Ãâ·ÑDNAÆÊÎöƽ̨"£¬ÕâÐ©ÍøÕ¾¿ÉÄÜDZÔÚľÂí³ÌÐò»ò¸Ä¶¯ÔʼÊý¾Ý¡£ÔõÑùʶ±ðºÏ¹æÊý¾ÝÔ´£¿½¨ÒéÉó²é¹ú¼Ê·Ö×ÓÊý¾Ý¿âͬÃË£¨IMDaC£©µÄ³ÉÔ±ÁÐ±í£¬È·±£»á¿´·¨Ö·ºó׺Ϊ.gov»ò.eduµÄ¹Ù·½ÍøÕ¾¡£
¿çÎïÖÖÑо¿µÄÂ×Àí¹æ·¶Ì½ÌÖ
¾ÙÐÐÈËÖíǶºÏÌåÑо¿±ØÐèͨ¹ýÂ×ÀíÉó²éίԱ»áÅú×¼¡£Æ¾Ö¤¡¶¹ú¼ÊÉúÎïÂ×ÀíίԱ»áÐûÑÔ¡·£¬ÈκÎÉæ¼°ÈËÀà»ùÒò±à¼µÄ²Ù×÷¶¼ÐèÇкϺնûÐÁ»ùÐûÑÔ×¼Ôò¡£¹ØÓÚ¹²Ïí²âÐòÊý¾ÝµÄ´¦Öóͷ££¬½¨Òé½ÓÄÉGA4GH£¨È«Çò»ùÒò×éÓ뿵½¡Í¬ÃË£©µÄ±ê×¼»¯ÍÑÃôÁ÷³Ì¡£¿ÆÑ§¼ÒÓ¦µ±ÔõÑùƽºâ¿ÆÑÐÍ»ÆÆÓëÂ×ÀíΣº¦£¿ÕâÐèÒª½¨Éè¶àѧ¿ÆÐͬ¼àÊÓ»úÖÆ¡£
ÉúÎïÐÅϢѧְҵÉú³¤Ô¶¾°Õ¹Íû
»ùÒò×éѧÑо¿µÄÉîÈë´ßÉúÁËÉúÎïÐÅÏ¢ÆÊÎöʦµÄÖ°ÒµÐèÇ󡣯¾Ö¤BLS£¨ÃÀ¹úÀ͹¤Í³¼Æ¾Ö£©Õ¹Íû£¬¸Ã¸ÚλδÀ´Ê®ÄêÔöÌíÂʽ«´ï31%¡£´ÓÒµÕß²»µ«ÐèÒªÕÆÎÕPython±à³ÌºÍRÓïÑÔ£¬»¹ÐèÐÑÄ¿PhyloXMLµÈרҵÊý¾ÝÃûÌá£Ñ§Ï°Â·¾¶·½Ã棬½¨Òéͨ¹ýCourseraƽ̨ѡÐÞÔ¼º²»ôÆÕ½ð˹´óѧµÄ»ùÒò×éѧרÏî¿Î³Ì£¬ÏµÍ³ÕÆÎÕÐòÁбȶԡ¢±äÒì¼ì²âµÈ½¹µãÊÖÒÕ¡£
´ÓÈËÖíDNA±È¶Ôµ½ÉúÎïҽѧӦÓ㬿ÆÑ§½çÕýÔÚÖØËÜÉúÃüÈÏÖª½çÏß¡£Í¨¹ý±¾ÎÄÍÆ¼öµÄÃâ·ÑÊý¾Ý¿âÓë±ê×¼»¯²Ù×÷Á÷³Ì£¬Ñо¿Õß¼ÈÄÜ»ñÈ¡¾«×¼»ùÒòÊý¾Ý£¬ÓÖÄܹæ±ÜÍøÂçÇ徲Σº¦¡£Ëæ×ŵ¥Ï¸°û²âÐòÊÖÒÕÍ»ÆÆ£¬¿çÎïÖÖ½ÏÁ¿Ñо¿½«¼ÌÐøÕ¹ÏÖÉúÃü½ø»¯µÄ×îÖÕÃÜÂë¡£